Ubuntu中安装Biopython

Ubuntu中安装Biopython

Biopython是Python的计算分子生物学和生物信息学工具包，它使得python在生物学数据处理中变得更加强大和高效，在Windows中安装biopython非常简单，下载之后，双击然后一路点下一步就可以了。在Linux中安装有多种方法，以Ubuntu(10.04)为例：

方法一：使用apt-get install方式安装

sudo apt-get install python-biopython

只有一行命令，可是这种方法安装的不是最新版本，很多新的功能不能用，非常不爽，不建议使用这种方法安装。

方法二：使用easy_install安装

（1）安装python-dev，不然会出现Setup script exited with error: command ‘gcc’ failed with exit status 1错误

sudo apt-get install python-dev

（2）安装easy_install工具

sudo apt-get install python-setuptools

（3）安装biopython

sudo easy_install -f http://biopython.org/DIST/ biopython  (DIST/和biopython之间有个空格)

（4） 安装Numpy

从http://numpy.scipy.org/下载numpy，现在的最新版本是numpy-1.6.1.tar.gz

tar -xzvpf numpy-1.6.1.tar.gz

cd numpy-1.6.1/

python setup.py build

sudo python setup.py install

还可以继续安装一些其它的dependencies，如flex，ReportLab等等，暂时不装，需要的时候再装也可以。

（4）改为

Download Numpy1.6.1 and unpack it; using the following commands:

wget http://sourceforge.net/projects/numpy/files/NumPy/1.6.1/numpy-1.6.1.tar.gz

tar -zxvf numpy-1.6.1.tar.gz

If the environment variable PYTHONPATH happens to be set, unset it (you may set it again after installing Numpy):

unset PYTHONPATH

The command that unpacks NumPy1.6.1 will have created a directory called "numpy1.6.1". Enter that directory and build the Numpy package with the help of the fortran compiler:

cd numpy-1.6.1/

python3.2 setup.py build --fcompiler=gnu95