RedHat Linux系统Gaussian高斯的安装与出错信息


以下安装方法在32位或64位的Red Hat Enterprise Linux操作系统测试过，适用的高斯版本为Gaussian 03 C02 for PC-Linux-IA32 以及g03e01-em64t等。

一.将g03d02.tar.gz解压到 /home/userid/ 下，得到/home/userid/g03文件夹（其中userid为当前用户名）。解压缩的命令为：tar zxvf g03_c02_lin.taz

二.在Linux系统中安装Gaussian03
1.在/home/userid/g03/下建立scratch文件夹作为保存临时文件的目录。

2.打开bashrc文件。方法为：
打开终端，输入命令为vi /home/userid/.bashrc

3.在.bashrc文件末尾加入以下语句并保存:

# for Gaussian.03.C02
G03ROOT=/home/userid/g03
GAUSS_EXEDIR=$G03ROOT
GAUSS_SCRDIR=/tmp/userid/g03
LD_LIBRARY_PATH=$G03ROOT/:$LD_LIBRARY_PATH
PATH=$G03ROOT/:$PATH
export G03ROOT GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH PATH


说明：
G03ROOT定义为g03解压缩后的根目录，也就是g03、l502.exe等一大堆可执行程序所在的目录；
GAUSS_EXEDIR为gaussian可执行程序的路径，通常和G03ROOT相同；
GAUSS_SCRDIR为存放临时文件的目录，所在的硬盘空间应当比较大，一般需要在根目录tmp或scratch下创建自己的子目录，故也可设置为/home/userid/g03/scratch；
LD_LIBRARY_PATH定义gaussian运行需要的一些库函数所在的位置，一般同G03ROOT；
PATH也是gaussian可执行程序的路径，但功能和GAUSS_EXEDIR变量不同。它是一个系统变量，定义了以后，无论何处运行gaussian03，只要输入“g03”就可以了，免去了输入绝对路径的麻烦。
在安装的时候用户通常只需要修改G03ROOT和GAUSS_SCRDIR路径。
如果shell是csh，编辑.cshrc文件，变量的定义类似，但是用setenv而不是export，格式为：setenv 变量名赋值

注：如果不知道怎么编辑vi，可以在进入之后按“i”，然后将上述语句粘贴到末尾，完毕之后按ESC键结束编辑返回命令状态。在此状态下输入“:x”或“:wq”并回车即可保存并退出.bashrc文件的编辑。

4.自动退回到终端命令行模式下后，输入“bash”，如果不提示错误一般就表示设置成功了。

三、运行Gaussian03的方法

打开终端，cd到存放输入文件的目录，输入“g03 test.gjf &”后回车即可运行，注意要输入后台操作符“&”。

安装完高斯gaussian运行后的错误提示及可能的解决方法

1.出现“cannot execute binary file”的错误提示
很有可能安装的高斯版本与当前linux系统的位数不符合，比如64位的高斯装在32位系统上就会出这样的错误提示。也有可能是安装文件错误或操作系统缺少某些库。

查看当前RedHat Linux版本是32位还是64位的命令：
用getconf LONG_BIT，而非getconf WORD_BIT。32位模型下，一般是ILP32，即int，long，pointer都是32位长； 64位模型下，一般是LP64，即long，pointer是64位，而int可能还是32位，也可能是64。
此外，也可以使用命令“uname -a”或“uname -m”，若结果里有i386或者i686则表示当前Linux系统是是32位的，若结果中有x86_64则表示是64位的。

2.“Probably out of disk space”错误提示
具体为：
Erroneous write during file extend. write 448 instead of 4096
Probably out of disk space.
Write error in NtrExt1: No such file or director
有可能是GAUSS_SCRDIR部分对应的临时文件夹的权限有问题，用chmod 777 -R foldername 命令可以解决权限为题。另外，如果是Red Hat 的话，在root权限下输入以下语句或者在/etc/rc.local文件末尾加入：
echo 0 > /proc/sys/kernel/randomize_va_space

3.no such file or directory
安装完毕运行g03时出现了“bash:./userid/g03/g03/bsd/g03.profile:no such file or directriy”或者“g03 :commands is not found”的错误提示，有可能是没有正确设置Gaussian的路径。对照着重新设置，最后再重新source一下bash或csh文件。
另外，我还遭遇过这种情况：无法在/tmp/文件里创建文件，原因是不知什么时候被我把/tmp/userid/这个目录删除了。这是只要在/tmp/下新建一个具有读写删除权限的名为userid的目录即可解决问题。注意，这里userid泛指当前登录计算机的用户名。

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