Linux下microRNA质控-cutadapt安装

Linux下microRNA质控-cutadapt安装

如果Linux系统已安装pip或conda，cutadapt的安装相对简便一些，示例如下：
1.pip安装
      pip install --user --upgrade cutadapt
      添加环境变量
echo 'export PATH=$PATH:/your path/cutadapt-1.10/bin ' >> ~/.bashrc

2.conda安装
      conda install -c bioconda cutadapt

3.如果很不幸，以上两个软件都未安装，则可以使用python进行安装。流程如下：

3.1 下载地址：
https://pypi.python.org/pypi/cutadapt/

3.2 解压
tar -zxvf cutadapt-1.10.tar.gz
3.3 进解压后的目录
cd cutadapt-1.10

3.4 安装
python setup.py install --user
3.5 如果安装过程中，出现报错“error: command 'gcc' failed with exit status 1 ", 查看报错详细信息中显示，缺少Python.h文件，那么需要安装运行python-dev。
（1）首先检索dev开发包：
yum search python |grep -i devel
（2）安装
yum install python-devel.x86_64

4.去除接头
cutadapt -a 3'端接头 -g 5'端接头 -o output.fastq input.fastq
cutadapt去接头原理如下：

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