Giraph 源码分析（五）—— 加载数据+同步总结


本人原创，转载请注明出处！ 本人QQ：530422429，欢迎大家指正、讨论。

欢迎访问： 西北工业大学 - 大数据与知识管理研究室 （Northwestern Polytechnical University - BigData and Knowledge Management Lab），链接：http://wowbigdata.cn/，http://wowbigdata.net.cn/，http://wowbigdata.com.cn。

环境：在单机上（机器名：giraphx）启动了2个workers。

输入:SSSP文件夹，里面有1.txt和2.txt两个文件

1. 在Worker向Master汇报健康状况后，就开始等待Master创建InputSplit。方法：每个Worker通过检某个Znode节点是否存在，同时在此Znode上设置Watcher。若不存在，就通过BSPEvent的waitForever()方法释放当前线程的锁，陷入等待状态。一直等到master创建该znode。此步骤位于BSPServiceWorker类中的startSuperStep方法中，等待代码如下：

	//Znode的路径
    String addressesAndPartitionsPath =
        getAddressesAndPartitionsPath(getApplicationAttempt(),
            getSuperstep());
	//把该znode的data读入到addressesAndPartitions中
    AddressesAndPartitionsWritable addressesAndPartitions =
        new AddressesAndPartitionsWritable(
            workerGraphPartitioner.createPartitionOwner().getClass());
	 //当master创建该znode后，退出while循环
     while (getZkExt().exists(addressesAndPartitionsPath, true) ==
          null) {
		 //陷入等待状态
        getAddressesAndPartitionsReadyChangedEvent().waitForever();
		//当master创建该znode后，触发Watcher。调用process进而唤醒线程
        getAddressesAndPartitionsReadyChangedEvent().reset();
      }
	  //读入数据
      WritableUtils.readFieldsFromZnode(
          getZkExt(),
          addressesAndPartitionsPath,
          false,
          null,
          addressesAndPartitions);

2. Master调用createInputSplits()方法创建InputSplit。

    

在generateInputSplits()方法中，根据用户设定的VertexInputFormat获得InputSplits。代码如下：

List<InputSplit> splits=inputFormat.getSplits(getContext(), minSplitCountHint);
其中minSplitCountHint为创建split的最小数目，其值如下：

minSplitCountHint = Workers数目 * NUM_INPUT_THREADS
NUM_INPUT_THREADS表示 每个Input split loading的线程数目，默认值为1 。 经查证，在TextVertexValueInputFormat抽象类中的getSplits()方法中的minSplitCountHint参数被忽略。用户输入的VertexInputFormat继承TextVertexValueInputFormat抽象类。

如果得到的splits.size小于minSplitCountHint，那么有些worker就没被用上。

     得到split信息后，要把这些信息写到Zookeeper上，以便其他workers访问。上面得到的split信息如下：

[hdfs://giraphx:9000/user/root/SSSP/1.txt:0+66, hdfs://giraphx:9000/user/root/SSSP/2.txt:0+46]
遍历splits List，为每个split创建一个Znode，值为split的信息。如为split-0创建Znode，值为：hdfs://giraphx:9000/user/root/SSSP/1.txt:0+66 
 /_hadoopBsp/job_201404102333_0013/_vertexInputSplitDir/0

为split-1创建znode（如下），值为：hdfs://giraphx:9000/user/root/SSSP/2.txt:0+46

/_hadoopBsp/job_201404102333_0013/_vertexInputSplitDir/1
最后创建znode： /_hadoopBsp/job_201404102333_0013/_vertexInputSplitsAllReady 表示所有splits都创建好了。

3. Master根据splits创建Partitions。首先确定partition的数目。


BSPServiceMaster中的MasterGraphPartitioner<I.V,E,M>对象默认为HashMasterPartitioner。它的createInitialPartitionOwners()方法如下：

@Override
  public Collection<PartitionOwner> createInitialPartitionOwners(
      Collection<WorkerInfo> availableWorkerInfos, int maxWorkers) {
	  //maxWorkers为Workers的最大数目，用户通过 -w 指定。实验时指定为 2
	  //availableWorkerInfos为健康的Workers列表,此处为：[Worker(hostname=giraphx, MRtaskID=1, port=30001), Worker(hostname=giraphx, MRtaskID=2, port=30002)]
    int partitionCount = PartitionUtils.computePartitionCount(
        availableWorkerInfos, maxWorkers, conf);
    List<PartitionOwner> ownerList = new ArrayList<PartitionOwner>();
    Iterator<WorkerInfo> workerIt = availableWorkerInfos.iterator();
	//为每个Partition指定一个PartitionOwner，表示该Partition的元数据信息
    for (int i = 0; i < partitionCount; ++i) {
      PartitionOwner owner = new BasicPartitionOwner(i, workerIt.next());
	  //若遍历完availableWorkerInfos，则开始下一轮遍历。
      if (!workerIt.hasNext()) {
        workerIt = availableWorkerInfos.iterator();
      }
      ownerList.add(owner);
    }
    this.partitionOwnerList = ownerList;
    return ownerList;
  }

上面代码中是在工具类PartitionUtils计算Partition的数目，计算公式如下：

partitionCount=PARTITION_COUNT_MULTIPLIER * availableWorkerInfos.size() * availableWorkerInfos.size() ，其中PARTITION_COUNT_MULTIPLIER表示Multiplier for the current workers squared，默认值为1 。

可见，partitionCount值为4（1*2*2）。创建的partitionOwnerList信息如下：

[(id=0,cur=Worker(hostname=giraphx, MRtaskID=1, port=30001),prev=null,ckpt_file=null), 

(id=1,cur=Worker(hostname=giraphx, MRtaskID=2, port=30002),prev=null,ckpt_file=null),

(id=2,cur=Worker(hostname=giraphx, MRtaskID=1, port=30001),prev=null,ckpt_file=null), 

(id=3,cur=Worker(hostname=giraphx, MRtaskID=2, port=30002),prev=null,ckpt_file=null)]

4. Master创建Znode：/_hadoopBsp/job_201404102333_0013/_applicationAttemptsDir/0/_superstepDir/-1/_partitionExchangeDir ，用于后面的exchange partition。

5. Master最后在assignPartitionOwners()方法中，把masterinfo，chosenWorkerInfoList，partitionOwners等信息写入Znode中（作为Znode的data），该Znode的路径为：      /_hadoopBsp/job_201404102333_0013/_applicationAttemptsDir/0/_superstepDir/-1/_addressesAndPartitions 。

   Master调用barrierOnWorkerList()方法开始等待各个Worker完成数据加载。调用关系如下：


在barrierOnWorkerList中创建znode，path=/_hadoopBsp/job_201404102333_0013/_vertexInputSplitDoneDir 。然后检查该znode的子节点数目是否等于workers的数目，若不等于，则线程陷入等待状态。后面某个worker完成数据加载后，会创建子node（如 /_hadoopBsp/job_201404102333_0013/_vertexInputSplitDoneDir/giraphx_1）来激活该线程继续判断。

6. 当Master创建第5步的znode后，会激活worker。每个worker从znode上读出data，data包含masterInfo，WorkerInfoList和partitionOwnerList，然后各个worker开始加载数据。

   把partitionOwnerList复制给BSPServiceWorker类中的workerGraphPartitioner（默认为HashWorkerPartitioner类型）对象的partitionOwnerList变量，后续每个顶点把根据vertexID通过workerGraphPartitioner对象获取其对应的partitionOwner.


每个Worker从znode： /_hadoopBsp/job_201404102333_0013/_vertexInputSplitDir获取子节点，得到inputSplitPathList，内容如下：

[/_hadoopBsp/job_201404102333_0013/_vertexInputSplitDir/1,
/_hadoopBsp/job_201404102333_0013/_vertexInputSplitDir/0]

然后每个Worker创建N个InputsCallable线程读取数据。N=Min(NUM_INPUT_THREADS,maxInputSplitThread)，其中NUM_INPUT_THREADS默认值为1，maxInputSplitThread=（InputSplitSize-1/maxWorkers +1

那么，默认每个worker就是创建一个线程来加载数据。

在InputSplitsHandler类中的reserveInputSplit()方法中，每个worker都是遍历inputSplitPathList，通过创建znode来保留(标识要处理)的split。代码及注释如下：

    public String reserveInputSplit() {
    String reservedInputSplitPath;
    Stat reservedStat;
  
    while (true) {
	  //currentIndex递增，要遍历完pathList
      int splitToTry = currentIndex.getAndIncrement();
	  //遍历完pathList，说明所有的split都被处理了，退出while循环。
      if (splitToTry >= pathList.size()) {
        return null;
      }
	  //得到split的znode path，如/_hadoopBsp/job_201404102333_0013/_vertexInputSplitDir/1
      String nextSplitToClaim = pathList.get(splitToTry);
	  
	  //构造znode路径，如： /_hadoopBsp/job_201404102333_0013/_vertexInputSplitDir/1/_vertexInputSplitReserved
      String tmpInputSplitReservedPath = nextSplitToClaim + inputSplitReservedNode;
      
	  //检测znode是否存在。若存在，说明该split已经被其他worker处理了。设置watcher是为了容错，可暂时忽略。
      reservedStat =
          zooKeeper.exists(tmpInputSplitReservedPath, this);
	  //若不存在，说明该znode对应的split还没有被处理掉。但有可能其他worker也在申请处理当前znode，
	  //所以下面创建znode时,可能会出现KeeperException.NodeExistsException异常。
      if (reservedStat == null) {
        try {
          // Attempt to reserve this InputSplit
		  //若成功创建，那么当前worker就出该split
          zooKeeper.createExt(tmpInputSplitReservedPath,
              null,
              ZooDefs.Ids.OPEN_ACL_UNSAFE,
              CreateMode.EPHEMERAL,
              false);
          reservedInputSplitPath = nextSplitToClaim;
          return reservedInputSplitPath;
        } catch (KeeperException.NodeExistsException e) {
          LOG.info("reserveInputSplit: Couldn't reserve " +
              "(already reserved) inputSplit" +
              " at " + tmpInputSplitReservedPath);
        }
      }
    }
  }

当用reserveInputSplit()方法获取某个znode后，loadSplitsCallable类的loadInputSplit方法就开始通过该znode获取其HDFS的路径信息，然后读入数据、重分布数据。 

 //inputSplitPath为znode的path，如： /_hadoopBsp/job_201404102333_0013/_vertexInputSplitDir/1
 private VertexEdgeCount loadInputSplit(
      String inputSplitPath,
      GraphState<I, V, E, M> graphState) {
	//获取该znode对应的InputSplit信息，如得到：hdfs://giraphx:9000/user/root/SSSP/2.txt:0+46
    InputSplit inputSplit = getInputSplit(inputSplitPath);
    
	//从split中一行一行读入数据，把每行数据创建成一个vertex。
	//然后根据vertexId把vertex发送到相应的partition上(数据重分布过程)
    VertexEdgeCount vertexEdgeCount =
        readInputSplit(inputSplit, graphState);
   //处理完当前split后，创建结束znode标识该split已被处理掉。znode的path为： /_hadoopBsp/job_201404102333_0013/_vertexInputSplitDir/1/_vertexInputSplitFinished
    splitsHandler.markInputSplitPathFinished(inputSplitPath);
    return vertexEdgeCount;
  }

VertexInputSplitsCallable类的readInputSplit()方法如下：

 protected VertexEdgeCount readInputSplit(
      InputSplit inputSplit,
      GraphState<I, V, E, M> graphState)
    throws IOException, InterruptedException {
	//获取用户输入的InputFormat类
    VertexInputFormat<I, V, E> vertexInputFormat =
        configuration.createVertexInputFormat();
    VertexReader<I, V, E> vertexReader =
        vertexInputFormat.createVertexReader(inputSplit, context);
    vertexReader.setConf(
        (ImmutableClassesGiraphConfiguration<I, V, E, Writable>) configuration);
    vertexReader.initialize(inputSplit, context);
    long inputSplitVerticesLoaded = 0;
    long edgesSinceLastUpdate = 0;
    long inputSplitEdgesLoaded = 0;
    while (vertexReader.nextVertex()) {
	  //获取vertex
      Vertex<I, V, E, M> readerVertex =
          (Vertex<I, V, E, M>) vertexReader.getCurrentVertex();
      if (readerVertex.getId() == null) {
        throw new IllegalArgumentException(
            "readInputSplit: Vertex reader returned a vertex " +
                "without an id!  - " + readerVertex);
      }
      if (readerVertex.getValue() == null) {
        readerVertex.setValue(configuration.createVertexValue());
      }
      readerVertex.setConf(configuration);
      readerVertex.setGraphState(graphState);
      //根据vertexID获取其partitionOwner
      PartitionOwner partitionOwner =
          bspServiceWorker.getVertexPartitionOwner(readerVertex.getId());
      //把顶点发送到对应的partition上
      graphState.getWorkerClientRequestProcessor().sendVertexRequest(
          partitionOwner, readerVertex);
      context.progress(); // do this before potential data transfer
      ++inputSplitVerticesLoaded;
     
      edgesSinceLastUpdate += readerVertex.getNumEdges();
    }
    vertexReader.close();
    return new VertexEdgeCount(inputSplitVerticesLoaded,
        inputSplitEdgesLoaded + edgesSinceLastUpdate);
  }
7. 每个worker加载完数据后，调用waitForOtherWorkers()方法等待其他workers都处理完split。

策略如下，每个worker在/_hadoopBsp/job_201404102333_0013/_vertexInputSplitDoneDir目录下创建子节点，后面追加自己的worker信息，如worker1、worker2创建的子节点分别如下：

/_hadoopBsp/job_201404102333_0013/_vertexInputSplitDoneDir/giraphx_1
/_hadoopBsp/job_201404102333_0013/_vertexInputSplitDoneDir/giraphx_2
，创建完后，然后等待master创建/_hadoopBsp/job_201404102333_0013/_vertexInputSplitsAllDone。

8.从第5步骤可知，若master发现/_hadoopBsp/job_201404102333_0013/_vertexInputSplitDoneDir下的子节点数目等于workers的总数目，就会在coordinateInputSplits()方法中创建

  _hadoopBsp/job_201404102333_0013/_vertexInputSplitsAllDone，告诉每个worker，所有的worker都处理完了split。

9. 最后就是就行全局同步。

  master创建znode，path=/_hadoopBsp/job_201404102333_0013/_applicationAttemptsDir/0/_superstepDir/-1/_workerFinishedDir ，然后再调用barrierOnWorkerList方法检查该znode的子节点数目是否等于workers的数目，若不等于，则线程陷入等待状态。等待worker创建子节点来激活该线程继续判断。

  每个worker获取自身的Partition Stats，进入finishSuperStep方法中，等待所有的Request都被处理完；把自身的Aggregator信息发送给master；创建子节点，如/_hadoopBsp/job_201404102333_0013/_applicationAttemptsDir/0/_superstepDir/-1/_workerFinishedDir/giraphx_1，data为该worker的partitionStatsList和workerSentMessages统计量；

最后调用waitForOtherWorkers()方法等待master创建/_hadoopBsp/job_201404102333_0013/_applicationAttemptsDir/0/_superstepDir/-1/_superstepFinished 节点。

  master发现/_hadoopBsp/job_201404102333_0013/_applicationAttemptsDir/0/_superstepDir/-1/_workerFinishedDir的子节点数目等于workers数目后，根据/_hadoopBsp/job_201404102333_0013/_applicationAttemptsDir/0/_superstepDir/-1/_workerFinishedDir子节点上的data收集每个worker发送的aggregator信息，汇总为globalStats。

Master若发现全局信息中（1）所有顶点都voteHalt且没有消息传递，或（2）达到最大迭代次数 时，设置 globalStats.setHaltComputation(true)。告诉works结束迭代。

master创建/_hadoopBsp/job_201404102333_0013/_applicationAttemptsDir/0/_superstepDir/-1/_superstepFinished 节点，data为globalStats。告诉所有workers当前超级步结束。

每个Worker检测到master创建/_hadoopBsp/job_201404102333_0013/_applicationAttemptsDir/0/_superstepDir/-1/_superstepFinished 节点后，读出该znode的数据，即全局的统计信息。然后决定是否继续下一次迭代。

10. 同步之后开始下一个超级步。

11.master和workers同步过程总结。

     （1）master创建znode A，然后检测A的子节点数目是否等于workers数目，不等于就陷入等待。某个worker创建一个子节点后，就会唤醒master进行检测一次。

      （2）每个worker进行自己的工作，完成后，创建A的子节点A1。然后等待master创建znode B。

       （3）若master检测到A的子节点数目等于workers的数目时，创建Znode B

        （4）master创建B 节点后，会激活各个worker。同步结束，各个worker就可以开始下一个超步。

        本质是通过znode B来进行全局同步的。

本人原创，转载请注明出处！ 本人QQ：530422429，欢迎大家指正、讨论。


相关内容