Linux系统 awk sed R脚本 python脚本传入变量,awkpython
Linux系统 awk sed R脚本 python脚本传入变量,awkpython
sed 传入变量:
1 chrI="chr2";sed -n "/$chrI/p" clippointpos.csv #变量用$var表示,把sed的单引号变为双引号即可
awk 传入变量:
1 chrI="chr2";awk '/'"$chrI"'/{print $0}' clippointpos.csv #变量用$var表示,变量两边再加上'"
R脚本传入变量:
1 arg <- commandArgs(T) 2 filename=arg[1] 3 outputfile=arg[2]
python脚本传入变量:
1. OptionParser传参
1 from optparse import OptionParser 2 def main(): 3 usage = "usage: %prog [options] arg" 4 parser = OptionParser(usage) 5 parser.add_option("-f", "--file", dest="filename", 6 help="read data from FILENAME") 7 parser.add_option("-v", "--verbose", 8 action="store_true", dest="verbose") 9 parser.add_option("-q", "--quiet", 10 action="store_false", dest="verbose") 11 (options, args) = parser.parse_args() 12 if options.verbose: 13 print "reading %s..." % options.filename 14 15 16 if __name__ == "__main__": 17 main()
2.sys模块传入变量
1 import sys 2 print sys.argv[0] #python程序名 3 print sys.argv[1] #传入的第一个变量
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